تبلیغات
مهندسی داروسازی +pharmaceutical engineering - آموزش نرم افزار و انجام پروژه 1

کلید موفقیت : تلاش+برنامه ریزی +پشت کار

آموزش نرم افزار و انجام پروژه 1

نویسنده :یوسفی +09187135911
تاریخ:دوشنبه 5 اسفند 1392-08:29 ب.ظ

جهت آموزش مطالب و نرم افزارهای زیر درخواست خود را  به آدرس jabneg@gmail.com ایمیل نمایید.

شبیه سازی و دینامیک مولکولی

سر فصل ها:

1-     آموزش مبانی دینامیک مولکولی

·        انواع میدان های نیرو و مقایسه آن ها

میدان های نیرو و موارد کاربرد آن‌ها

مخفف میدان نیرو

میدان نیرو

میدان  نیروی کلاسیک

AMBER

Assisted Model Building and Energy Refinement

CHARMM

Chemistry at HARvard Molecular Mechanics

CVFF

consistent-valence forcefield

GROMOS

GROningen MOlecular Simulation package

OPLS 

Optimized Potential for Liquid Simulations)

UFF

Universal force field

میدان نیروی نسل دوم

CFF

Consistent Force Field

COMPASS

Condensed-phase Optimized Molecular Potentials for Atomistic Simulation Studies

PCFF

polymer consistent forcefield

MMFF 

Merck Molecular Force Field

 

·        بهینه سازی ساختار مولکول

·        هنگرد های موجود برای به تعادل رساندن سیستم

انواع روش های کوپل دما و فشار

روش کوپل دما

Velocity scale

Nose-Hoover

Anderson

Berendsen

روش کوپل فشار

Parrinello-Rahman

 

Andersen

 

·        نحوه به دست آوردن تابع توزیع شعاعی و تحلیل آن

·        موارد استفاده از تابع توزیع شعاعی

·        به دست آوردن MSD

 

2-     آموزش نرم افزار Material Studio

·        نحوه ترسیم ساختار

·        ایجاد جعبه مورد نظر برای شبیه سازی

·        تنظیم دما و فشار (مرحله تعادل)

·        مرحله تولید یا production phase

·        آنالیز نتایج شامل:

-         تعیین پروفایل غلظت در ابعاد مختلف هنگرد

-         تعیین دانسیته سیستم

-         به دست آوردن MSD

-         پروفایل فشار

-         تابع توزیع شعاعی (RDF or PCF)

-          Radious of gyration

-         توزیع دما، انرژی های بین مولکولی و درون مولکولی و سرعت

-         به دست آوردن عدد کئوردیناسیون

-         به دست آوردن مقدار انتگرال کرک-باف




داغ کن - کلوب دات کام
نظرات() 
 
لبخندناراحتچشمک
نیشخندبغلسوال
قلبخجالتزبان
ماچتعجبعصبانی
عینکشیطانگریه
خندهقهقههخداحافظ
سبزقهرهورا
دستگلتفکر




Admin Logo
themebox Logo